Beylik Hüsâmeddin Çoban tarafından kuruldu. Kutalmışoğlu Süleyman''ın emirlerinden Karategin''in soyundan gelmektedir. Oğuzlar''ın Kayı boyundandır. Hüsâmeddin Çoban Kastamonu beyidir. I. Alâaddin Keykubat''ın tahta çıkışında Konya''ya giderek ona bağlılığını bildirmiş ve Kastamonu Beyliği beratını yeniletmiştir.
Kırım''ın Suğdak limanı ile Sinop arasındaki ticaret yolları Moğolların kontrolüne geçince bölgedeki tüccarlar zarar etmeye başlar. Tüccarlar Selçuklu sultanı Alaaddin Keykubat''tan yardım ister. Alaaddin Keykubat''ta Hüsameddin Çoban''ı görevlendirir. Çoban, Suğdak''ı geri aldığı gibi Rus knezlerinin itaatini de sağlar. Bir süre Suğdak''ta kalır ve bir cami yaptırır. Sonra Selçuklu sultanının emriyle 1224''te Kastamonu''ya döner.
Emîr Çoban ölünce yerine oğlu Alp Yürek (Yürük) geçer, bunun ölümü üzerine 1280 yılı civarında oğlu Muzafferüddin Yavlak Arslan bey olur. Yavlak Arslan dönemi III. Gıyâseddin Keyhusrev (1266-1284) ve II. Mesud''un (1284-1296, 1302-1310) hükümdarlık zamanına rastlar. Muzafferüddin Yavlak Arslan ölünce yerine oğlu Mahmud Bey geçer. Mahmut, Çobanoğulları Beyliği''nin son emiridir. Bunun zamanında Bizans topraklarına akınlar yapılır. Bizans''a yapılan akınları kardeşi Ali Bey yönetmiştir. Mahmud Bey, Candaroğulları Beyliği kuvvetleri tarafından öldürülmüştür.
*
Çobanoğulları beylerinin bilime ve alimlere verdiği önem nedeniyle Orta Asya, İran ve Irak taraflarından birçok bilim adamı, mütefekkir ve sanatkâr Kastamonu''ya gelir. Muzafferüddin Yavlak Arslan adına birçok eser yazılır. Taşköprü''deki Muzafferüddin Yavlak Arslan Medresesi, Osmanlılar döneminde bilim merkezi olma özelliğini devam ettirir.
