Yörük Ali Efe, Kıllıoğlu Hüseyin Efe ve bazı arkadaşları ile birlikte Aydın ilinin Çine ilçesi Yağcılar köyünde toplanır. İlk hedefleri; 16 Haziran 1919 tarihinde Sultanhisar ve Atça arasındaki Malgaç deresinin üstünden geçen Malgaç demiryolu köprüsü yanındaki Yunan karakoluna baskın yapmaktır. Demiryolunun güvenliğini yapmak için görevlendirilen Yunan askerleri; çevredeki köylerle, gelip geçene rahat vermemekte, parasını - pulunu alıp, ırzına - namusuna el uzatmaktadır.
Yörük Ali ve kızanları; bu zulmün acısını çıkarmakta zorlanmaz. Baskın sonunda karakol tümüyle imha edilmiştir, pek çok cephane ve erzak ele geçirilmiştir. Yörük Ali Efe'nin Millî Mücadele için yaptığı bu ilk baskın, Anadolu'da düzenli, bilinçli ve millî şuurla işgalci Yunanlıya yapılan ilk baskın olarak kabul edilir. Bu önemli başarı halka ümit ve cesaret verecek, düşmanın yurttan atılabileceğine olan inancı arttırarak Ege'de Yörük Ali Efe'nin liderliği etrafında birleşilecekti. Yunan Ordusu ise beklemediği bu baskın karşısında paniğe kapılarak Nazilli'deki kuvvetlerini yakıp yıkarak Aydın istikametine geri çekmek zorunda kalacaktı.
Daha sonra 7. Tümen Kumandanı Miralay Şefik (Aker)'in başkanlığında kurulan halk meclisinde oy birliğince alınan karar uyarınca Yörük Ali Efe'ye Bölge Komutanlığı ile Aydın'ın kurtarılması görevi verildi.
Yörük Ali Efe, kısa bir süre sonra emrindeki kuvvetlerle birlikte Aydın'ı geri aldı. Ancak takviye kuvvetlerle bir hayli güçlenen Yunan Ordusu, Aydın'ı ikinci kez işgal etti. Ancak Köşk, Umurlu ve Dörtyol cephesi kurularak olağanüstü cesaretle, donanımlı ve sayıca çok fazla olan düşman kuvvetleri büyük kayıplara uğratıldı. Böylece Yörük Ali ve efeleri, düzenli ordu kurulana kadar yirmi aylık bir süre Yunan kuvvetlerinin Aydın kanadından Anadolu içlerine ilerlemesi engellemiş oldu.
Düzenli ordunun kurulması üzerine Yörük Ali Efe, emrindeki savaş deneyimi çok iyi olan büyük bir efe grubuyla birlikte Büyük Millet Meclisi (BMM) Ordusu'na katıldı. Milis Miralay rütbesiyle Millî Aydın Cephesi Komutanı olarak atandı. Savaş sonunda başarılarından dolayı BMM tarafından Kırmızı Şeritli İstiklâl Madalyası ile ödüllendirildi.
Alçakgönüllü bir insandı. Türk Kurtuluş Savaşı'ndaki rolü ile ilgili olarak yapılan övgülere verdiği şu cevabı her zaman hatırlanır: "Bazı kimseler savaş zamanında yapılan işlerin bir çoğunu bana ve başkalarına mal ederler. Bu yanlıştır. Bir kişinin, beş kişinin böyle büyük davalarda ne ehemmiyeti olur ki? Gönlünde vatan muhabbeti taşıyan her vatansever o günlerde bizim gibi düşünmüş, bizim gibi duymuş, ondan sonra da bizimle beraber olmuştur. Millî mukavemette aslan payını kendine ayırmakta hata vardır. Bir elin sesi olur mu ki?"
Kurtuluş Savaşı'ndan sonra İzmir'e yerleşti. 1928 senesinde, Kurtuluş Savaşı'nda bir süre karargahı olan Yenipazar'a taşındı. 1934 yılında Soyadı Kanunu'nun çıkmasından sonra "Yörük" soyadını aldı. 1951 senesinde, İzmir'de talihsiz bir tramvay kazası geçirdi. Olay şöyle gerçekleşti: Tramvayda yol alıyordu. Elinde Atatürk'ün kendisine eliyle hediye ettiği baston vardı. Bir ara bastonu düşürdü. Kendisi de hemen, tramvay durmadan bastonun peşinden atladı. Ancak tramvay talihsiz bir şekilde ayaklarının üstünden geçti. İki ayağını da kaybetti. 1951 yılında tedavi için gittiği Bursa'da vefat etti.
Yörük Ali Efe, Yenipazar'da toprağa verilmesini "Halkı iyidir, toprağı sever, toprağı seven insan sever. Ben orada rahat ederim" diyerek vasiyet etmişti. Kurtuluş Savaşı'ndaki destansı mücadelesi Türk halkı tarafından adına türkü yakılmasına vesile oldu. Yenipazar'daki evi Kültür Bakanlığı tarafından düzenlenerek Yörük Ali Efe Müzesi adıyla ziyarete açıldı. Türk Milleti, adına türküler yakarak onu hiç unutmadığını gösterdi.
