Atsız ve arkadaşları kendilerini mahkûm eden bu kararı temyiz etti. Askerî Yargıtay, 1 Numaralı Sıkıyönetim Mahkemesi'nin kararını esastan bozdu. Böylece Atsız, bir buçuk yıl kadar tutuklu kaldıktan sonra, 23 Ekim 1945 tarihinde tahliye edildi.
5 Ağustos 1946 tarihinde 2 Numaralı Sıkıyönetim Mahkemesi'nde tutuksuz olarak başlayan Atsız ve arkadaşlarının davası 31 Mart 1947 tarihinde sonuçlandı. 29 oturum devam eden mahkemede bütün sanıkların beraatına karar verildi.
Nisan 1947'den Temmuz 1949'a kadar işsizliğe de mahkûm edilen Atsız, Ekim 1945-Temmuz 1949 tarihleri arasında geçinmek için kitaplarından bazılarını satmak zorunda kaldı. Bir süre Türkiye Yayınevi'nde çalışan Atsız, Türk-Rus savaşlarının özeti olan "Türkiye Asla Boyun Eğmeyecektir" adlı kitabını da Sururi Ermete adlı şahsın adı ile yayınlamak zorunda kalmıştı.
Bu arada güzel bir olay oldu. Atsız'ın sınıf arkadaşı Prof. Dr. Tahsin Banguoğlu Millî Eğitim Bakanı olmuştu. Artık şansı dönmüş, sürgün üzerine sürgün yediği, işsiz kaldığı yıllar geride kalmıştı. Atsız, 25 Temmuz 1949'da Süleymaniye Kütüphânesi'ne "uzman" olarak tayin edildi. Bir süre bu görevde çalışan Atsız, Demokrat Parti'nin iktidara gelmesinden sonra 21 Eylül 1950'de Haydarpaşa Lisesi Edebiyat Öğretmenliği'ne atandı.
4 Mayıs 1952 tarihinde Ankara Atatürk Lisesi'nde vermiş olduğu "Türkiye'nin Kurtuluşu" konulu bir konferans üzerine Cumhuriyet gazetesi, Atsız'ın aleyhine haberler yayımlamaya başladı. Hakkında bakanlık tarafından soruşturma açılan Atsız'ın konuşmasının bilimsel olduğu belirlendi. Fakat Atsız 13 Mayıs 1952 tarihinde Haydarpaşa Lisesi'ndeki edebiyat öğretmenliği görevinden "muvakkat - geçici)" kaydı ile alınarak yine Süleymaniye Kütüphânesi'ndeki görevine verildi.
31 Mayıs 1952 tarihinden itibaren emekliliğini istediği 1 Nisan 1969 tarihine kadar Süleymaniye Kütüphânesi'nde çalışan Atsız'ın en uzun süreli memuriyeti bu kütüphânede oldu.
Atsız, 1950-1952 yıllarında yayımlanan haftalık Orkun dergisinin başyazarlığını yaptı. 1962'de kurulan Türkçüler Derneği' nin genel başkanlığını üstlendi. 1964'ten ölümüne kadar Ötüken dergisini yayımladı.
Devrin Cumhurbaşkanı Cevdet Sunay, Gaziantep'e giderken bir işçinin kendisine "idareciler Araplara toprak veriyorlar, biz Türklere vermiyorlar" sözlerine karşılık, "Türk topraklarında yaşayan herkes Türk'tür" demiş; Atsız bunun üzerine, Ötüken'in Nisan 1967'de yayınlanan 40. sayısından itibaren "Konuşmalar, I-2-3", "Bağımsız Kürt Devleti Propagandası", "Doğu Mitinglerinde Perde Arkası" ve "Satılmışlar-Moskof Uşakları" adlarıyla yayınladığı seri makalelerinde, Marksistlerin Doğu bölgelerinde bölücü gizli çalışmalarda bulunduklarını söylemişti.
Hasan Dinçer'in Adalet Bakanı olduğu dönemde, bakanlık tahkikat açarak Atsız'ı mahkemeye verdi. Uzun duruşmalardan sonra mahkeme, Ötüken'in sahibi Atsız'ı ve Sorumlu Yazı İşleri Müdürü Mustafa Kayabek'i on beşer ay hapse mahkûm etti. Kronik enfarktüs, yüksek tansiyon ve ağır romatizmadan rahatsız olduğu için Haydarpaşa Numune Hastanesi'ne yatan Atsız'a, hastane tarafından "cezaevine konulamayacağı" kaydı bulunan rapor verildi. Ancak 4 aylık bu rapor Adlî Tıp tarafından kabul edilmeyip, "reviri olan cezaevinde kalabilir" şeklinde değiştirildi.
Bunun üzerine infaz savcılığı 14 Kasım 1973 Çarşamba günü sabahı Atsız'ı evinden aldırarak Toptaşı Cezaevi'ne sevk etti. 40 kişilik adi suçlular koğuşuna konulan Atsız, bir süre sonra reviri olan Sağmalcılar Cezaevi'ne nakledildi.
Atsız, kesinleşen 1.5 yıllık cezasını çekmek için hapse girince, üniversite hocaları ve öğrencilerinden oluşan bir grup Cumhurbaşkanı'na başvurup Atsız'ın affını istedi. Atsız, suç işlemediğini belirterek bizzat af talep etmediği halde, dönemin Cumhurbaşkanı Fahri Korutürk, kendi yetkisini kullanarak Atsız'ın cezasını affetti. Atsız, 22 Ocak 1974'te Bayrampaşa Cezaevi'nden tahliye edildi.
İbnülemin Mahmut Kemal İnal'ın tarifi ile "Atlıyı atından indirecek derecede şiddetli yazılar yazan" Atsız, ateşli ve keskin bir üslûba sahipti. Atsız, 10 Aralık 1975 Çarşamba gününün akşamı kalp krizi geçirdi. Gelen doktor enfarktüs olduğunu anlayamadı. Ertesi akşam Atsız yeni bir kriz geçirdi. 11 Aralık 1975 Perşembe günü kendi deyimi ile "uçmağa vardı". 13 Aralık 1975 tarihinde Kurban Bayramı'nın ilk günü Kadıköy Osmanağa Camii'nde Kılınan ikindi namazını müteakip Karacaahmet Mezarlığı'nda toprağa verildi. Cenaze namazı kılındıktan sonra İmam'ın ''Merhumu nasıl bilirdiniz?'' sorusuna Fethi Gemuhluoğlu yüksek sesle; ''Bu musalla taşı, Atsız kadar gerçek bir er kişiyi az görmüştür, hoca efendi!” demişti. Size bir sonraki yazımda Türkçü Atsız'ın manevi dünyaya verdiği değeri aktaracağım.
